《虹色萤火虫 永远的暑假》的主角佑太是一位在交通事故中失去了父亲的小学六年级生。暑假里，佑太来到曾和父亲一同游玩的山间水坝，却意外地穿越30年时光，来到了后来被淹没在水坝下的村庄。在这里，佑太度过了一个终生难忘的暑假。